理系夫婦のうたたねブログ

理系夫婦が好きなことを書いていきます。たまに医学っぽいことを書いていますが、あくまで私見です。

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Rグラフに注釈追加

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はじめに 最近この本で勉強しています。 実践Data Scienceシリーズ データ分析のためのデータ可視化入門 (KS情報科学専門書)作者:キーラン・ヒーリー講談社Amazon グラフを描画する際に、一緒に文字や直線、短径を描画したい時があると思います。 これらはデ…

多重比較をRで実施する方法

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はじめに Rは細々続けています。 2群以上実験や複数水準のデータを取得したとき、多重比較をしたくなることがあると思います。 総当たりの多重比較は実験デザインとしてあまりよくないとはわかっていつつも、そういう場面があることもしばしばです。というこ…

Rを用いてt検定

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はじめに 大学が変わったのと年度が変わったことで、統計ソフトとグラフ作成用のソフトを使えなくなった。 これを機に統計とグラフ作成を両方Rにしようと思う。 t testのやり方もよく分かっていないので、Helpを見ながら勉強してみた。 2標本のt検定 Rでのt …

Rでカプランマイヤー曲線をかく (ggsurvplot)

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うだるような暑さですが、なんとか頑張ってます。 カプランマイヤーもggpubrで書けたら良かったのですが、ちょっと調べた感じは書けなそうだったので、ggsurvplotという違うライブラリを使ってみました。 はじめに 生存時間解析 (文字通りの生存時間以外にも…

ggpubrで散布図

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はじめに 何回か続いているggpubrのシリーズです。 今回は散布図について書きます。2つの連続変数の関係性を見る際の最も基本的なプロットですね。 データの紹介 今回はcarsというデータを用います。こちらは車の速度と制動距離 (止まるまでに必要な距離) の…

ggpubrで箱ヒゲ図、バイオリンプロット

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はじめに ggpubrで箱ヒゲ図とバイオリンプロットを書いてみます。 私としては箱ひげ図の方が好きです。バイオリンプロットはなんとなく、KDEでの推定があっているのかわからない時があって、誤解を与えそうな気がするからです。 データの紹介 今回使うのはTo…

ggpubrでのグラフの整え方

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ggpubrで作成されるグラフの整え方を少し紹介します。 はじめに ggpubrでデフォルトで出てくるグラフはある程度整ってはいますが、自分好みに整えるのが必要な部分もあります。 昨日のggpairedを題材に、少しいじってみます。 データの紹介 使うデータとコー…

ggpubrで対応のあるデータのプロット

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はじめに 最近少しRを使うようになりました。 これまでIgor ProかPythonを使ってグラフを描いていたのですが、Igorは有料、PythonのMatplotlibは使い勝手がイマイチということで、晴れてRデビューです。 ちょっと調べるとRにはggplot2というのがあり、こちら…