理系夫婦のうたたねブログ

理系夫婦が好きなことを書いていきます。たまに医学っぽいことを書いていますが、あくまで私見です。

2023-01-01から1年間の記事一覧

Rを用いてt検定

R

はじめに 大学が変わったのと年度が変わったことで、統計ソフトとグラフ作成用のソフトを使えなくなった。 これを機に統計とグラフ作成を両方Rにしようと思う。 t testのやり方もよく分かっていないので、Helpを見ながら勉強してみた。 2標本のt検定 Rでのt …

DeepLabCutのエラー「ValueError: too many values to unpack (expected 2)」

数年ぶりにDeepLabCutを使ってみたらいろいろ使い勝手が変わっていてびっくりしました。 そんな中でであったエラーの解決法を記しておきます。 経緯 数年ぶりにDeepLabCutを使ってみている途中、学習までは無事に終了して、トラッキングした動画を作ろうとし…

Endnoteの「描画の対象とならないオブジェクト」というエラーの対処法

調べてみると意外にもこのエラーに対する対処法が出てこないので記載しておきます。 経緯と症状 身近でEndnoteを使い始めた方が、このエラーに直面していました。 引用文献を入れようとすると上記のエラーがでて、うまく引用文献を挿入できていませんでした…

Rでカプランマイヤー曲線をかく (ggsurvplot)

R

うだるような暑さですが、なんとか頑張ってます。 カプランマイヤーもggpubrで書けたら良かったのですが、ちょっと調べた感じは書けなそうだったので、ggsurvplotという違うライブラリを使ってみました。 はじめに 生存時間解析 (文字通りの生存時間以外にも…

ggpubrで散布図

R

はじめに 何回か続いているggpubrのシリーズです。 今回は散布図について書きます。2つの連続変数の関係性を見る際の最も基本的なプロットですね。 データの紹介 今回はcarsというデータを用います。こちらは車の速度と制動距離 (止まるまでに必要な距離) の…

ggpubrで箱ヒゲ図、バイオリンプロット

R

はじめに ggpubrで箱ヒゲ図とバイオリンプロットを書いてみます。 私としては箱ひげ図の方が好きです。バイオリンプロットはなんとなく、KDEでの推定があっているのかわからない時があって、誤解を与えそうな気がするからです。 データの紹介 今回使うのはTo…

ggpubrでのグラフの整え方

R

ggpubrで作成されるグラフの整え方を少し紹介します。 はじめに ggpubrでデフォルトで出てくるグラフはある程度整ってはいますが、自分好みに整えるのが必要な部分もあります。 昨日のggpairedを題材に、少しいじってみます。 データの紹介 使うデータとコー…

ggpubrで対応のあるデータのプロット

R

はじめに 最近少しRを使うようになりました。 これまでIgor ProかPythonを使ってグラフを描いていたのですが、Igorは有料、PythonのMatplotlibは使い勝手がイマイチということで、晴れてRデビューです。 ちょっと調べるとRにはggplot2というのがあり、こちら…

Sedanini Lenticchie Rosseを食べる。

謎パスタシリーズが続きます。 こちらもイタリアより、 Sedani = パスタの一種 Lenticchie = レンズ豆 ということで、赤いレンズ豆のパスタということらしい。 謎パスタ www.felicia.it しかしやはりパッケージからは茹で時間が不明であり、パッケージの左下…

Tortelloni con Prosciutto CrudoにPanna Chef Per Cucinare Cremosa E Omogeneaをかけて食べる。

気づけば2年間更新せずでした。 2年の間に博士とったり就職したりライフイベントがあったりしましたが、それは置いておいて、、 Tortelloni con Prosciutto CrudoにPanna Chef Per Cucinare Cremosa E Omogeneaをかけて食べてみました。 www.barilla.com www…