調べてみると意外にもこのエラーに対する対処法が出てこないので記載しておきます。
経緯と症状
身近でEndnoteを使い始めた方が、このエラーに直面していました。
引用文献を入れようとすると上記のエラーがでて、うまく引用文献を挿入できていませんでした。
不思議なことに、新規ファイルを作成して挿入してみるとうまくいくのだそうです。
原因
OneDriveのせい (多分)
当該ファイルがOnedrive上に保存されていたので、ローカルに保存してみるとうまくいきました。
Endnote公式も、以下のようにオンラインストレージへの対応をしていないといっていますし、文章はローカルに保存するのが無難ですね。
google driveと併用していた時に、ほかにもいろいろ変な動きをしたことがあった気がします。
https://www.usaco.co.jp/faq/detail.html?pdid1=180
結論
Endnoteとオンラインストレージは相性が悪いので、注意
(Onedriveはいろいろ起こすので個人的にはあまりこのみではなかったり・・・)