はじめに データ生成 各手法での解析 Two-way ANOVA glm with Poisson distribution glm with negative binomial distribution Aligned rank transformation (ART) 信頼区間の比較 異なるデータでの再検証 まとめ はじめに 生物系のデータ解析というと、大抵…
はじめに カプランマイヤー曲線を少しだけ変更してみる。 とりあえず描くためのコード 方法1 ggsurvplotの引数を変更する。 線の色を変える 軸ラベルを変更する。 テーマを変更する。 凡例の名前を変更する。 方法2 ggplot2の関数を使って変更する。 生存期…
はじめに 筆者のレベル 背景 起きた問題と考察 問題1: Gitに何も出てこない問題 解決策 問題2: 今度はSSH接続で怒られる。 SSH keyを更新する。 次回以降のプロジェクトでは最初からgit使えました。 総括 はじめに この記事は初心者がRStuido + GitHubで詰ま…
はじめに 問題 対策 結論 はじめに 普段いろんな目的でPyCharmを使っています。 解析コードを書いたり、ブログ記事を書いたり、いろいろなプロトコルを書いたりが主な使い道です。 VSCodeでも良かったのですが、なんとなく最初に使い始めたのがPyCharmだった…
はじめに 目的 データ生成 excelで一発で開けるようにする 終わりに はじめに 最近海外の方との共同研究の際にデータをやり取りしていて気づいたことがあります。 csvというファイル形式で普段データを扱っているのですが、comma-separated values (csv) は…
はじめに 目的 使用するデータのチェック データの前処理 シンプルなグラフの描画 グラフ要素の追加 文字の追加 線分の追加 短径の追加 終わりに はじめに 最近この本で勉強しています。 実践Data Scienceシリーズ データ分析のためのデータ可視化入門作者:…
はじめに 前提 一元配置デザインの場合 Tukey-HSD Bonferroniとその変法たち 二元配置デザインの場合 三元以上の場合 感想 はじめに Rは細々続けています。 2群以上実験や複数水準のデータを取得したとき、多重比較をしたくなることがあると思います。 総当…
はじめに 2標本のt検定 もう一つの書き方 fomula形式 対応のあるt検定 感想 はじめに 大学が変わったのと年度が変わったことで、統計ソフトとグラフ作成用のソフトを使えなくなった。 これを機に統計とグラフ作成を両方Rにしようと思う。 t testのやり方もよ…
数年ぶりにDeepLabCutを使ってみたらいろいろ使い勝手が変わっていてびっくりしました。 そんな中でであったエラーの解決法を記しておきます。 経緯 数年ぶりにDeepLabCutを使ってみている途中、学習までは無事に終了して、トラッキングした動画を作ろうとし…
調べてみると意外にもこのエラーに対する対処法が出てこないので記載しておきます。 経緯と症状 身近でEndnoteを使い始めた方が、このエラーに直面していました。 引用文献を入れようとすると上記のエラーがでて、うまく引用文献を挿入できていませんでした…
はじめに データ 処理と結果 カプランマイヤー曲線に信頼区間を表示する。 生存期間中央値のラインを引く リスク表を出す。 (各時点でのat riskの患者数) カプランマイヤー曲線とリスク表の大きさの比率を変えてみる。 グラフの軸ラベルフォントを変更 感想 …
はじめに 何回か続いているggpubrのシリーズです。 今回は散布図について書きます。2つの連続変数の関係性を見る際の最も基本的なプロットですね。 データの紹介 今回はcarsというデータを用います。こちらは車の速度と制動距離 (止まるまでに必要な距離) の…
はじめに ggpubrで箱ヒゲ図とバイオリンプロットを書いてみます。 私としては箱ひげ図の方が好きです。バイオリンプロットはなんとなく、KDEでの推定があっているのかわからない時があって、誤解を与えそうな気がするからです。 データの紹介 今回使うのはTo…
ggpubrで作成されるグラフの整え方を少し紹介します。 はじめに ggpubrでデフォルトで出てくるグラフはある程度整ってはいますが、自分好みに整えるのが必要な部分もあります。 昨日のggpairedを題材に、少しいじってみます。 データの紹介 使うデータとコー…
はじめに 最近少しRを使うようになりました。 これまでIgor ProかPythonを使ってグラフを描いていたのですが、Igorは有料、PythonのMatplotlibは使い勝手がイマイチということで、晴れてRデビューです。 ちょっと調べるとRにはggplot2というのがあり、こちら…
謎パスタシリーズが続きます。 こちらもイタリアより、 Sedani = パスタの一種 Lenticchie = レンズ豆 ということで、赤いレンズ豆のパスタということらしい。 謎パスタ www.felicia.it しかしやはりパッケージからは茹で時間が不明であり、パッケージの左下…
気づけば2年間更新せずでした。 2年の間に博士とったり就職したりライフイベントがあったりしましたが、それは置いておいて、、 Tortelloni con Prosciutto CrudoにPanna Chef Per Cucinare Cremosa E Omogeneaをかけて食べてみました。 www.barilla.com www…
旦那です タイトルの通り、博士号取得を目指して筋トレを始めました ふざけてんのかって言う話ですが、僕は割と真面目です 結局のところ, 論文を出すにも, 博士号を取るにも 意思の強さと決意が最も重要だと思います. 筋肉鍛えて, 頑張ります. それとは別件…
旦那です。 twitterというものをやっていないので、誰も気に留めないようなつぶやきを書くところもなく、頭から消えていくのみなのでたまには書き留めておきます。 よく料理と実験は似ていると言われますが、全くその通りだと思います。 特に僕が普段やって…
旦那です。 在宅勤務 (?) もおわり、久し振りに実験をしていて時間はないのですが、納豆は食べています。 少し前に食べた納豆を紹介します。 鹿児島、しか屋さんの納豆を食べました。 www.shikaya.com 基本情報 見た目と粒の大きさ 混ぜた時の印象 味の印象 …
旦那です。 また少し期間が空いてしまいましたが、納豆レビューです。 今日はあづま食品さんの北海道大粒をいただきました。 adumas.co.jp 基本情報 見た目と粒の大きさ 混ぜた時の印象 味の印象 総合評価 ひどい写真ですがパッケージです 基本情報 内容量: …
だんなです。 在宅勤務*1なので最近はデータ解析が主になっているのですが、以前に書いた通りIgorというソフトウェアを使って解析を行っています。 Pythonしか使ったことのない私にはIgorの関数を作成したりするのは非常に困難で、日々苦しんでいます。基本…
旦那です。 久しぶりの納豆レビューです。ちょっと贅沢して高級っぽいものを買って見ました。太子食品さんの北の大豆、大粒を食べました。 www.taishi-shop.jp パッケージ 基本情報 内容量 45 g エネルギー: 83 kcal (89 kcal) 食塩相当量: 0 g (0.5 g) イソ…
だんなです。 納豆レビューが定番化してきていますが、落ち着いたらほかの記事も書きたいところです。 あづま食品さんの美味をいただきました。なぜかホームページ上には記載がなかったのであづま食品さんの商品紹介ページを載せておきます。 www.adumas.co.…
旦那です。 ちょっと前に食べた納豆ですが、ミツカンのとろっ豆を食べました。金の粒はちょっと苦手としていたのですが、せっかくの機会なので食べてみることに www.mizkan.co.jp 目立つパッケージ とろっ豆 基本情報 内容量: 49.6 g (納豆45 g) エネルギー:…
旦那です。 納豆レビュー6つ目、こちらも初めて食べるメーカーの納豆です。 1パックで売っていたのでなかなか手が出なかったのですが、納豆レビューのためと言い聞かせて買ってみました。 うど川原 酒田納豆 酒田納豆 基本情報 内容量: 80g エネルギー: 160k…
旦那です。 納豆レビュー5つ目は、初めて食べるメーカーさんの納豆 ホームページには京都が納豆発祥の地となっておりましたが、知らなかったです。 www.ushiwaka-nattou.com 明治創業とのこと。 今日は牛若納豆さんの小粒、赤をいただきました。 赤いパッケ…
旦那です。 納豆レビュー4つ目は秋田県産大豆を使ったふっくら納豆 おかめ納豆と同じく、タカノフーズが作っているはずなのだが、ホームページに記載がないので、パッケージの写真を載せておく 写真を撮るのがへたくそ 基本情報 内容量: 45.6g (納豆 40g) エ…
旦那です 納豆レビュー3つ目 おかめ納豆の国産丸大豆納豆を食べました www.takanofoods.co.jp 基本情報 内容量: 45.4g (納豆 40g) エネルギー: 84kcal 食塩相当量: 0.6g 見た目と粒の大きさ 納豆の見た目 丸い感じの容器になっているのが特徴らしい 豆の大き…
こんにちは、旦那です。 納豆2種類目、とりあえず一回で終わらせなかったことをほめてほしい。 先週からスーパーに行ってなくて、納豆が切れたのでセブンで買ってきたこいつをレビューします。 7premium.jp 基本情報 内容量: 51.6g (納豆は45g) エネルギー: …
