理系夫婦のうたたねブログ

理系夫婦が好きなことを書いていきます。たまに医学っぽいことを書いていますが、あくまで私見です。

Rグラフに注釈追加

R

はじめに 最近この本で勉強しています。 実践Data Scienceシリーズ データ分析のためのデータ可視化入門 (KS情報科学専門書)作者:キーラン・ヒーリー講談社Amazon グラフを描画する際に、一緒に文字や直線、短径を描画したい時があると思います。 これらはデ…

多重比較をRで実施する方法

R

はじめに Rは細々続けています。 2群以上実験や複数水準のデータを取得したとき、多重比較をしたくなることがあると思います。 総当たりの多重比較は実験デザインとしてあまりよくないとはわかっていつつも、そういう場面があることもしばしばです。というこ…

Rを用いてt検定

R

はじめに 大学が変わったのと年度が変わったことで、統計ソフトとグラフ作成用のソフトを使えなくなった。 これを機に統計とグラフ作成を両方Rにしようと思う。 t testのやり方もよく分かっていないので、Helpを見ながら勉強してみた。 2標本のt検定 Rでのt …

DeepLabCutのエラー「ValueError: too many values to unpack (expected 2)」

数年ぶりにDeepLabCutを使ってみたらいろいろ使い勝手が変わっていてびっくりしました。 そんな中でであったエラーの解決法を記しておきます。 経緯 数年ぶりにDeepLabCutを使ってみている途中、学習までは無事に終了して、トラッキングした動画を作ろうとし…

Endnoteの「描画の対象とならないオブジェクト」というエラーの対処法

調べてみると意外にもこのエラーに対する対処法が出てこないので記載しておきます。 経緯と症状 身近でEndnoteを使い始めた方が、このエラーに直面していました。 引用文献を入れようとすると上記のエラーがでて、うまく引用文献を挿入できていませんでした…

Rでカプランマイヤー曲線をかく (ggsurvplot)

R

うだるような暑さですが、なんとか頑張ってます。 カプランマイヤーもggpubrで書けたら良かったのですが、ちょっと調べた感じは書けなそうだったので、ggsurvplotという違うライブラリを使ってみました。 はじめに 生存時間解析 (文字通りの生存時間以外にも…

ggpubrで散布図

R

はじめに 何回か続いているggpubrのシリーズです。 今回は散布図について書きます。2つの連続変数の関係性を見る際の最も基本的なプロットですね。 データの紹介 今回はcarsというデータを用います。こちらは車の速度と制動距離 (止まるまでに必要な距離) の…

ggpubrで箱ヒゲ図、バイオリンプロット

R

はじめに ggpubrで箱ヒゲ図とバイオリンプロットを書いてみます。 私としては箱ひげ図の方が好きです。バイオリンプロットはなんとなく、KDEでの推定があっているのかわからない時があって、誤解を与えそうな気がするからです。 データの紹介 今回使うのはTo…

ggpubrでのグラフの整え方

R

ggpubrで作成されるグラフの整え方を少し紹介します。 はじめに ggpubrでデフォルトで出てくるグラフはある程度整ってはいますが、自分好みに整えるのが必要な部分もあります。 昨日のggpairedを題材に、少しいじってみます。 データの紹介 使うデータとコー…

ggpubrで対応のあるデータのプロット

R

はじめに 最近少しRを使うようになりました。 これまでIgor ProかPythonを使ってグラフを描いていたのですが、Igorは有料、PythonのMatplotlibは使い勝手がイマイチということで、晴れてRデビューです。 ちょっと調べるとRにはggplot2というのがあり、こちら…

Sedanini Lenticchie Rosseを食べる。

謎パスタシリーズが続きます。 こちらもイタリアより、 Sedani = パスタの一種 Lenticchie = レンズ豆 ということで、赤いレンズ豆のパスタということらしい。 謎パスタ www.felicia.it しかしやはりパッケージからは茹で時間が不明であり、パッケージの左下…

Tortelloni con Prosciutto CrudoにPanna Chef Per Cucinare Cremosa E Omogeneaをかけて食べる。

気づけば2年間更新せずでした。 2年の間に博士とったり就職したりライフイベントがあったりしましたが、それは置いておいて、、 Tortelloni con Prosciutto CrudoにPanna Chef Per Cucinare Cremosa E Omogeneaをかけて食べてみました。 www.barilla.com www…

博士号を取るために筋トレを始める

旦那です タイトルの通り、博士号取得を目指して筋トレを始めました ふざけてんのかって言う話ですが、僕は割と真面目です 結局のところ, 論文を出すにも, 博士号を取るにも 意思の強さと決意が最も重要だと思います. 筋肉鍛えて, 頑張ります. それとは別件…

料理と実験

旦那です。 twitterというものをやっていないので、誰も気に留めないようなつぶやきを書くところもなく、頭から消えていくのみなのでたまには書き留めておきます。 よく料理と実験は似ていると言われますが、全くその通りだと思います。 特に僕が普段やって…

納豆レビュー -福ユタカ 中粒-

旦那です。 在宅勤務 (?) もおわり、久し振りに実験をしていて時間はないのですが、納豆は食べています。 少し前に食べた納豆を紹介します。 鹿児島、しか屋さんの納豆を食べました。 www.shikaya.com 基本情報 見た目と粒の大きさ 混ぜた時の印象 味の印象 …

納豆レビュー -北海道産 大粒 あずま食品-

旦那です。 また少し期間が空いてしまいましたが、納豆レビューです。 今日はあづま食品さんの北海道大粒をいただきました。 adumas.co.jp 基本情報 見た目と粒の大きさ 混ぜた時の印象 味の印象 総合評価 ひどい写真ですがパッケージです 基本情報 内容量: …

Igor pro -Make operation-

だんなです。 在宅勤務*1なので最近はデータ解析が主になっているのですが、以前に書いた通りIgorというソフトウェアを使って解析を行っています。 Pythonしか使ったことのない私にはIgorの関数を作成したりするのは非常に困難で、日々苦しんでいます。基本…

納豆レビュー -北の大豆 大粒-

旦那です。 久しぶりの納豆レビューです。ちょっと贅沢して高級っぽいものを買って見ました。太子食品さんの北の大豆、大粒を食べました。 www.taishi-shop.jp パッケージ 基本情報 内容量 45 g エネルギー: 83 kcal (89 kcal) 食塩相当量: 0 g (0.5 g) イソ…

納豆レビュー -あづま食品 美味-

だんなです。 納豆レビューが定番化してきていますが、落ち着いたらほかの記事も書きたいところです。 あづま食品さんの美味をいただきました。なぜかホームページ上には記載がなかったのであづま食品さんの商品紹介ページを載せておきます。 www.adumas.co.…

納豆レビュー -ミツカン 金の粒 とろっ豆-

旦那です。 ちょっと前に食べた納豆ですが、ミツカンのとろっ豆を食べました。金の粒はちょっと苦手としていたのですが、せっかくの機会なので食べてみることに www.mizkan.co.jp 目立つパッケージ とろっ豆 基本情報 内容量: 49.6 g (納豆45 g) エネルギー:…

納豆レビュー -うど川原 酒田納豆-

旦那です。 納豆レビュー6つ目、こちらも初めて食べるメーカーの納豆です。 1パックで売っていたのでなかなか手が出なかったのですが、納豆レビューのためと言い聞かせて買ってみました。 うど川原 酒田納豆 酒田納豆 基本情報 内容量: 80g エネルギー: 160k…

納豆レビュー -京都牛若納豆 小粒赤-

旦那です。 納豆レビュー5つ目は、初めて食べるメーカーさんの納豆 ホームページには京都が納豆発祥の地となっておりましたが、知らなかったです。 www.ushiwaka-nattou.com 明治創業とのこと。 今日は牛若納豆さんの小粒、赤をいただきました。 赤いパッケ…

納豆レビュー - 秋田県産大豆を使った ふっくら納豆-

旦那です。 納豆レビュー4つ目は秋田県産大豆を使ったふっくら納豆 おかめ納豆と同じく、タカノフーズが作っているはずなのだが、ホームページに記載がないので、パッケージの写真を載せておく 写真を撮るのがへたくそ 基本情報 内容量: 45.6g (納豆 40g) エ…

納豆レビュー -おかめ納豆 国産丸大豆納豆-

旦那です 納豆レビュー3つ目 おかめ納豆の国産丸大豆納豆を食べました www.takanofoods.co.jp 基本情報 内容量: 45.4g (納豆 40g) エネルギー: 84kcal 食塩相当量: 0.6g 見た目と粒の大きさ 納豆の見た目 丸い感じの容器になっているのが特徴らしい 豆の大き…

納豆レビュー -セブンプレミアム 極小粒納豆-

こんにちは、旦那です。 納豆2種類目、とりあえず一回で終わらせなかったことをほめてほしい。 先週からスーパーに行ってなくて、納豆が切れたのでセブンで買ってきたこいつをレビューします。 7premium.jp 基本情報 内容量: 51.6g (納豆は45g) エネルギー: …

Igor pro グラフの中にグラフを入れる

旦那です。 Igor proはほぼわかっていないので、新しいことをしようとするたびに学びがあっていいですね・・・ 今日は先ほど遊んでいたら、グラフの中にグラフを入れることができるようになりました。 1, 目的 以下のようなグラフのつくりかた 論文を書いて…

納豆レビュー -おかめ納豆-

こんにちは、旦那です。 突然ですが、私たち夫婦は納豆が大好きです。 おそらく平均2日に1回、多い時には1日複数回納豆を食べます。 いつもはとあるメーカーの納豆を食べているのですが、ほかのメーカーの納豆をあまり食べたことがなかったので、いろいろと…

Igor proにおけるpythonのスライスっぽい処理

どうも旦那です。 先ほど書いた通り、スライスっぽい処理に詰まってました。(こんな初歩で詰まってどうすんだという突込みはなしで) med-ruka.hatenablog.com さて、Igor上ではデータは"wave"という形をとります。これはたぶんそういう名前なので、受け入れ…

Igor proに慣れない

こんにちは、旦那です。 サボっていたらいつの間にか1年たってしまった。 1年の間にいろいろなことがあって、今はコロナが大変とか、たぶんブログに書けるネタはたくさんあるはずなんですが、今私はこれに困っている。 Igor proというソフトに慣れない いろ…

4月から初期研修の人たちに私が言えること

旦那です。 3月31日をもって初期研修を修了するので、記念に書きます。 はじめに 1, 食事と睡眠が本当に大切 2, 挨拶やらなんやら、他の人と仲良くなれそうなことはひたすらやってみる 3, 手技はなんとかなるので気にしない 4, 同期は大事にする 5, すぐ相談…